司法亲子鉴定因为涉及到男女双方的权利或纠纷的问题，通常是男女双方同时参与，一起委托人做父母子三联体亲子鉴定。

       从DNA亲子鉴定技术的角度上，父母子三人做亲子鉴定会更精确一些（当然父子两人做亲子鉴定也使可以准确的判定亲子关系的）。DNA鉴定判定亲子关系遵循的是孟德尔遗传学，子女的基因型一半来自母亲，另一半来自父亲。父母子三人参与的DNA鉴定为三联亲子鉴定，父子或母子两人的DNA鉴定为二联体亲子鉴定，也称为单亲亲子鉴定。通常做父子单亲亲子鉴定的比较多，大部分母亲自己生的，没有必要做母亲的，大部分也认为亲子鉴定，没有必要母亲参与，自己的生的，参与鉴定做亲子关系分析是多此一举。但是从遗传学的角度上，母亲参与更精确的判定亲子关系，还可以在父子亲子鉴定有基因突变时，加以辅助容易准确的判定亲子关系。

      从司法的角度上，男女双方对孩子的权利是平等的。男女双方同时参与亲子鉴定，一般都是双方同时作为委托人委托。DNA鉴定出来的司法鉴定报告相当于是双方都是同意签署的。当出现一方在另一方不知情的情况下做单亲司法亲子鉴定，另外一方是有权不认可单方的取证。但是单方司法鉴定报告取证做为一项直接亲子关系的有效证明，拒绝认可的，是可以重新做父母子三方参与的司法亲子鉴定，如拒绝重做，已有的单亲司法亲子鉴定是可以直接作为举证证明用的了。因此，司法亲子鉴定，在考虑到一方可能拒绝参与做DNA鉴定的，有条件可以先获得单方的司法亲子鉴定。如父子两人的DNA鉴定。

      客观存在的单亲。只能做父子两人或母子两人的司法亲子鉴定。单亲家庭有很多。当无法查找到另外一方的信息时，无法满足父母子三方参与司法亲子鉴定的时候，只能做单方的司法亲子鉴定。

     北京科鉴基因亲子鉴定中心在十多年的司法鉴定案例中，曾出现过，非婚子上户随母做司法亲子鉴定，要求男方签字同意的。男方不同意到场签字，使得小孩无法上户，不得以。最后男方同意参与鉴定，最后在母子两人的司法鉴定加入男方做了父母子三人的DNA鉴定。父母子三方的司法亲子鉴定，男女双方委托同意的，相当于男方也是签字同意上户女方。这份有法律效力的证据证明，就可以有效证明推翻，男方将来某天不同意孩子上户女方而落户女方是不知情情况下产生的纠纷。