一方不同意做司法亲子鉴定的，法院一般不会强制作亲子鉴定。但可采用举用举证办法强妙地向法院提供证据，使法院作出有利于自己的判决。如果举证不能，那么在婚姻关系存续期间妻子所生的孩子，则推定为婚生子女。

     “亲子鉴定”结果在诉讼当中应能作为证据使用，但其直接证明效力只能停留在证明是否具有血缘上的身分关系，而且一般是伦理层面上证明，如要超出此证明力，就需与其他证据来形成证据链。尤其是不能仅凭“亲子鉴定”结果就否认鉴定人之间法律上的父母或子女关系。

     因为亲子鉴定涉及人身，不能强制，应当以双方自愿为原则，综合考虑双方的申请、证据还有孩子的情况而作出判断。如果出现了一方申请进行亲子鉴定，另一方无正当理由拒不同意，导致亲子关系无法确认的情况，可依据《婚姻法解释三》第2条：夫妻一方向人民法院起诉请求确认亲子关系不存在，并已提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以推定请求确认亲子关系不存在一方的主张成立。当事人一方起诉请求确认亲子关系，并提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以推定请求确认亲子关系一方的主张成立。

     亲子鉴定分为司法亲子鉴定和非司法亲子鉴定。非司法亲子鉴定即通常的个人亲子鉴定，可以在当事人不知情的情况下。获得样本，做个人知情亲子鉴定确认存在的亲子关系是肯定的，还是否定的。但是司法亲子鉴定是需要当事人都到场的，并提供有效的身份信息证明的。这个时候，当事人是知道的。如果需要参与的一方是不同意的，是无法执行的。当然，如果孩子可以配合，男女双发有一方面存在不愿意的，如果条件允许是可以先获得单亲司法亲子鉴定，也是可以做作为证据证明用。只是可能存在未参与的父亲或母亲那边不承认单方亲子鉴定证明，需要重启父母子三方参与的司法亲子鉴定。