从证明亲子鉴定是否存在的角度来看，运用DNA亲子鉴定来认定亲子关系，是发现事实的重要方法，也是快捷简便处理亲子关系纠纷的有利工具。但是，在进行DNA亲子鉴定时，也应从保护当事人隐私的角度出发，合理限制亲子鉴定的适用。进行亲子鉴定必须有法院的命令才可以进行、如果当事人有正当理由，可以拒绝进行亲子鉴定，同时，进行亲子鉴定要考虑到为了子女的利益以及家庭的安定性。

      第一，DNA亲子鉴定做为证据方法的限制
     本来，作为一种技术手段DNA鉴定在发现真实客观事实方面就会碰到一些困难。例如，兄弟两人为同卵双胞胎，如果进行DNA鉴定，则可能得出两人都为生父的结论。可见DNA鉴定，并非发现真相的唯一方法。
     另外，采取DNA鉴定，可能会侵害到其他当事人的隐私，在实践上，应当采取必然不可缺的原则。如果要提出DNA亲子鉴定，负有举证责任的一方对于提出自己的权利主张应当提供具体的“线索”。若是无端推测，则不应当直接命令当事人或第
三人做亲子鉴定。

     第二，DNA亲子鉴定在目的上的限制
     运用DNA亲子鉴定处理亲子关系纠纷，必须考虑到保护家庭安定促进子女福利。如果DNA亲子子鉴定明显有害于子女的利益的时候，应该就个案做出适当的限制。同时，可以借鉴日本的做法，在审判过程中，积极运用调解，并非必须做DNA亲子鉴定才能解决亲子关系纠纷。

      另外，对于一方当事人自行委托做亲子鉴定的，认为采取非法手段取得的鉴定结论，不得采为证据。