怀孕了不确定孩子父亲是谁，只需要做一个孕期亲子鉴定就可以解决这个问题。孕期亲子鉴定也叫产前亲子鉴定，胎儿亲子鉴定，是指利用基因技术鉴定胎儿遗传意义上的父亲。当胎儿遗传意义上的父亲是谁不得而知时，“孕期亲子鉴定”可从孕妇的静脉血中分离出胎儿游离的DNA，通过鉴定胎儿的DNA(脱氧核糖核酸)确认父子关系。

怀孕了不确定孩子父亲怎么做孕期亲子鉴定？
做孕期亲子鉴定方法跟隐私亲子鉴定一样，不强制出具身份证明或者到现场，只需要采集好孕妇与男方检材匿名邮寄到实验室就可以办理鉴定。
怀孕做孕期亲子鉴定流程：
一．采集男方检材：孕妇可事先咨询采样方法与流程，男方检材可以是血液、血痕、毛发(需拔下带毛根)、剪下的指甲、留下的精斑、精液、牙刷等样本任选其一；
二．采集孕妇静脉血：孕妇需要采集10ML静脉血，可选择预约护士上门采血/现场采血/委托医院采血，必须使用专业的抗凝管；
三．样本送检：向亲子鉴定中心提交鉴定样本，可以采用匿名邮寄的方法，不用提供本人姓名及个人资料，也可以到亲子鉴定中心现场采样送检。
四．通知结果：正常做孕期亲子鉴定一般5-7个工作日出具结果报告，委托人可选择自取或者邮寄到指定地址。
 
做孕期亲子鉴定需要注意哪些问题：
怀孕满6周，确定是宫内受孕；
孕妇采血需要使用特制的DNA抗凝管，不可使用普通的试管；
孕妇必须采集10ml静脉血；
孕妇采血不需要空腹，正常饮食即可。